Pas ratifikimit të Marrëveshjes së Prespës nga Kuvendi i Greqisë, urimet të menjëhershme erdhën edhe nga krerët e bashkimit Evropian. Kryetari i Komisionit Evropian, Zhan Klod Junker, përfaqësuesja e lartë për politikë të jashtme Federika Mogerini dhe eurokomisari Joanes Han e përshëndetë hapin e ri për ratifikimin e Marrëveshjes së Prespës.
Nga vetë fillimi BE fuqishëm e mbështeti marrëveshjen historike të nënshkruar nga kryeministrat Cipras dhe Zaev nën kryesimin e KB-së. I nevojshëm ishte guximi politik, lidershipi dhe përgjegjësia e palëve që të tejkalohet njëri nga kontestet më të vështira në rajon. Të dy vendet e shfrytëzuan këtë mundësi unike e cila jepe shembull për pajtim në të gjithë Evropën dhe do të sjellë nxitje shtesë për perspektivë evropiane në rajon”- deklarojnë përfaqësuesit e BE-së.