Organizatat që e vëzhguan nga afër referendumin, OSBE-ODIHR dhe Asamblea Parlamentre e Këshillit Evropian vlerësuan se referendumi ka kaluar në mënyrë të qetë dhe demokratike. Sipas tyre, arritja e cenzusit nuk është e rëndësishme në referendum konsultues. Shefi i misionit vëzhgues Jan Petersen si vërejtje i theksoi mos-informimin e mirë të qytetarëve për domethënien e Marrëveshjes me Greqinë, ligjin jo të kompletuar për referendum dhe mungesën e përfaqësuesve të partive nëpër vendvotime.
“Së pari, dita e referendumit ishte përgjithësisht e qetë dhe e organizuar mirë, në mënyrë profesionale dhe transparente dhe në mënyrë të paanshme. Kampanja e referendumit ishte e qetë anembanë vendit. U respektua liria e tubimit dhe e shprehjes gjatë gjithë procesit. Administrata ishte e paanshme dhe iu përmbajt afateve kohore. Ligji për Referendumin ka pasur zbrazëtira të majme të cilat KSHZ-ja nuk arriti që t’i plotësojë. Parlamenti i Maqedonisë si propozues pati të drejtë që të lejoj vëzhgues nga partitë politike nëpër vendvotime por nuk e bëri një gjë të tillë, me çka e uli edhe transparencën e votimit”, theksoi Jan Petersen , shef i misionit vëzhgues të OSBE-ODIHR.
Sipas Stefan Shenah nga Asambleja Parlamentare e Këshillit të Evropës, pastrimi i listës zgjedhore dhe regjistrimi i popullsisë janë nevojat urgjente për vendin. Ai kërkoi respektimin e votave për jetësimin e marrëveshjes me Greqinë.
“Nëse dëshironi një listë zgjedhor të qartë, atëherë juve u duhet një regjistrim i popullsisë. I fundit që keni bërë është në vitin 2002. Të dhënat e këtij regjistrimi janë të fshehta dhe nuk e kam të qartë pse. Sipas ligjit në shtetin tuaj, secilën dekadë duhet të bëhet regjistrimi dhe tani është me të vërtetë urgjente që të bëni një regjistrim të ri të popullsisë në këtë shtet. Të njëjtën duhet edhe ta publikoni, gjithkush ka të drejtë të dijë popullsinë e një shteti”, u shpreh Stefan Shenah nga Asambleja Parlamentare e Këshillit të Evropës.
U kritikua edhe raportimi nëpër portale, të cilat sipas tyre kanë bërë propagandë për të bojkotuar referendumin.